焦虑症作为一种非器质性疾病，必须排除中枢神经系统疾病和躯体疾病，特别是那些与焦虑症的表现相似或有交叉表现的疾病，如急性心肌梗塞、冠心病、阵发性心动过速、甲状腺功能亢进、嗜铬细胞瘤、自发性低血糖等。医生应该熟悉这些躯体疾病，在检查以焦虑为主要表现的病人时，应当考虑到这些疾病的可能。进行相应的病史追询、全面的体格检查与必要的物理化学的检查都是必不可少的。

一旦能排除躯体疾病，肯定焦虑是由于心理障碍所致，就应进一步明确究竟是焦虑症还是其他心理障碍伴发的焦虑症状。焦虑可以见于任何心理障碍。如果排除了焦虑之外，还伴有其他心理症状，则应首先考虑其他心理障碍的可能。恐怖症、强迫症、精神分裂症都常伴有焦虑，要注意这些原发病的诊断。

抑郁症伴发焦虑的情况在临床上十分常见，同样焦虑症合并抑郁症状者更是屡见不鲜。不少学者将抑郁和焦虑认为是姊妹症状，说明焦虑与抑郁的关系非常密切。世界卫生组织(WHO)在1988年发起了一项有4个国家5个研究中心参加的综合医疗单位精神疾病的调查，结果显示，抑郁障碍与焦虑障碍的合病率近50%。1996年美国Michigan大学的调查研究中心进行了一次全国精神疾病合病率的调查，结果发现重性抑郁与焦虑障碍的终身合病率为50%，一年内合病率为51.2%，即半数以上的重性抑郁病人一生或同年内患焦虑障碍。在所有的伴发的焦虑障碍中，广泛性焦虑占15.4%～16.3%，惊恐发作占8.6%～9.9%，提示抑郁症病人合并焦虑性神经症的概率是比较高的。

另外一些研究结果也提示，焦虑障碍病人同时患重性抑郁合病率也很高。Brawman-Mintzer(1993)等人的研究表明，42%的广泛性焦虑病人至少有过一次重性抑郁的发作，特别是惊恐发作者重性抑郁的合病率可高达70%，提示两者之间的双重关系。

也有可能出现另一种情况，如广泛性焦虑障碍有突出的躯体症状时可能易被误诊为躯体疾病。病人可能接受不必要的检查，这会使其更加焦虑。如果医生注意到了症状的多样性，就会减少这种错误。心悸、头痛、尿频和腹部不适都可能成为焦虑病人的主诉，正确的诊断在于发现，广泛性焦虑的其他症状，以及来源于仔细询问疾病发展时出现的次序，以及询问发作中体验到的症状的先后次序，如阵发性心动过速、快速心脏跳动的感觉是在焦虑之前还是在焦虑之后出现。